聚色庄园 怎么科学地进行乳腺癌肿瘤基因检测数据分析与解读?

发布日期：2025-06-27 23:15    点击次数：171

肿瘤基因检测准确性分析所接纳的样本聚色庄园

确认《乳腺癌精确援救基因检测分析模范》，乳腺癌肿瘤基因检测数据分析解读本接头选取了来自乳腺癌协会定约（BCAC）参与接头的亚血缘女性乳腺癌患者。这些患者均关系于生涯情景和会诊至终末随访的年份等信息，何况均被会诊为任何阶段的原发性浸润性乳腺癌，且在会诊时年齿至少为18岁。最终的接头样本包含了来自70个BCAC接头的91，686名乳腺癌患者。

乳腺癌患者的组织病理学、存活率和援救信息由各个参与的勾搭病院和大夫集聚，并在佳学基因进行汇总额调和，然后参照BCAC数据库。扫数接头均得回了关系伦理委员会的批准，何况扫数患者均签署了知情甘心书。

基因检测后果怎么将患者分为不同的类型

患者亚组的区别依据主要基于会诊时的年齿、雌激素受体（ER）情景、孕激素受体（PR）情景、东谈主类表皮孕育因子受体2（HER2）情景、肿瘤分级及系管辖疗类型（基于BCAC数据库可获取的关系信息）。对于会诊年齿和肿瘤分级，特殊热心预后较差的亚组。因此，咱们界说了15个亚组：

会诊时年齿小于40岁的患者；

肿瘤分级为3级的患者；

ER阳性（ER+）肿瘤并选用内分泌援救的患者；

ER阴性（ER−）肿瘤并选用化疗的患者；

激素受体（HR）阳性（ER+或PR+）且HER2阴性的患者；

HR阳性（ER+或PR+）且HER2阴性肿瘤，选用化疗的患者；

HR阳性且HER2阴性肿瘤，未选用化疗的患者；

HR阳性且HER2阳性（HER2+）肿瘤的患者；

HR阴性且HER2阳性（HER2+）肿瘤的患者；

HR阴性且HER2阴性（HR−，HER2−）肿瘤的患者；

选用他莫昔芬援救的患者；

选用芳醇化酶阻难剂援救的患者；

选用环磷酰胺-甲氨蝶呤-氟尿嘧啶（CMF）类化疗决策的患者；

选用紫杉醇类药物援救的患者；

选用蒽环类药物援救的患者。

每个亚组的选拔依据与文件撑抓的情理请估计佳学基因检测。需要小心的是，由于患者数目较少，HER2阳性肿瘤选用曲妥珠单抗援救的亚组未被纳入分析，因为该亚组的事件率较低，导致分析的统计功效较低。

此外，接头还排斥了会诊时即为转动性乳腺癌的患者（占扫数患者的1.1%），因为这类患者频繁选用姑息援救，绝色诱惑不允洽基于系管辖疗类型的亚组分析。

除了亚组分析，佳学基因检测还对扫数乳腺癌患者进行了全基因组分析，评估常见遗传变异与乳腺癌特定生涯期（15年生涯期）之间的关系。这项分析旨在评估是否不错在通盘患者数据逼近检测到亚组分析中的遗传变异关联。以往也进行过相通的全基因组分析。然则，之前的分析数据来自12个GWAS数据集，其中包括来自iCOGS和OncoArray的数据（患者数为84，757东谈主，随访技术较短），而刻下数据集的样本量和随访技术更为敷裕。

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由于部分变量存在缺失数据，并非扫数患者王人能被区别到每个亚组，因此在亚组区别时会确认缺失值进行顺应惩办。每个亚组的患者数目、乳腺癌特定物化的数目、患者/肿瘤特征、援救信息及随访数据请估计佳学基因检测靶向药物基因检测勾搭病院机构。

临床与病理变量缺失值的填补

为了进行二次退换分析，咱们使用R软件的链式方程多重填补（MICE）包（v. 3.2.0）填补了临床和病理变量中的缺失值。具体的填补模范和变量列表及缺失值百分比，详见佳学基因解码评释文档。

基因分型和基因型填补、族群分析与质料规则

对于基因分型和基因型填补的模范，佳学基因在基因解码专题中进行详备先容。简而言之，患者使用了两种不同的基因分型芯片：iCOGS和OncoArray。惟有通过基因型数据推断为亚州血缘的样本才被纳入分析。对于未进行分型的变异，领先是使用1000基因组蓄意第3阶段（2014年10月发布）的参考面板进行填补。最近，咱们使用了Haplotype Reference Consortium（HRC）参考面板再行进行填补，以莳植独特变异的填补质料。扫数的分析王人基于基因型变异或填补后的变异，且条目录要等位基因频率（MAF）>0.01。仅当填补后的变异的填补r²值大于0.7时，这些变异才被纳入分析。最终，共分析了约莫1000万个变异。

统计分析

佳学基因乳腺癌肿瘤精确用药基因检测的主要分析后果是乳腺癌特定生涯期（因乳腺癌物化的技术）。咱们接纳蔓延参加的Cox记忆模子估算风险比（HR）和95%置信区间（CI）。风险技术是从接头入组时开动的，淌若入组技术晚于会诊技术（22.9%的患者在会诊1年后入组，27.3%的患者在1年后入组），则技术从接头入组开动。淌若入组技术缺失（24.5%的患者），则技术从会诊开动；淌若入组技术在会诊之前（8.4%的患者），则技术从会诊开动。事件的发生技术右删失，截止技术为终末随访或会诊后15年，以先发生者为准。淌若患者死于乳腺癌除外的原因或死因不解，则在15年内或15年后进行删失。

在分析中，咱们还参考了早期乳腺癌临床推行者勾搭组（EBCTCG）的后果。特殊是，对于基于系管辖疗类型的亚组分析，咱们将最大随访技术甩掉在会诊后5年内。这些分析的指标是探讨常见遗传变异在选用特定系管辖疗的患者中的短期效应，因为这些效应可能随技术变化，何况援救决策频繁逼近在会诊后前5年。

Cox记忆分析分别在每个亚组内进行，并按国度进行分层。扫数分析王人分别按基因分型平台（iCOGS与OncoArray）进行，后果通过固定效应的Meta分析进行并吞。HR估算值的圭臬过错确认似然比考试统计量再行计较，如前所述。对于仅在一个基因分型平台上妥当纳入圭臬（MAF>0.01且r²>0.7）的变异，咱们仅使用该平台的后果。对于P值

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